仓库系统分为舰队仓储和基地资源仓库两类，取走物品需通过特定界面操作。舰队仓储位于舰船管理模块，玩家需进入舰船界面选择目标舰船，点击仓储选项查看当前装载的资源或装备，通过卸载按钮将物品转移至基地仓库。基地仓库则通过主界面左下角的BASE进入资源管理模块，可直接提取或调配资源。需舰船仓储容量有限，超载会导致无法装载新物品，需定期清理或升级仓储技术。
资源类物品的取用需区分采集与库存。工程舰采集的资源会自动存入基地仓库，但若工程舰与运输舰编队，资源会优先暂存于运输舰仓储中。需手动派遣运输舰返回基地，或通过资源调度功能将物资转移至指定仓库。金属、晶体、重氢等基础资源可直接用于建造或交易，而电子货币等特殊资源需通过税务司或未央资助计划界面提取，这类资源通常有每日上限，需合理规划使用顺序。
舰船蓝图与技术值作为特殊物品，其取用方式较为独特。蓝图需通过研究界面中的蓝图档案查看，技术值则依附于舰船个体。若需转移技术值强化其他舰船，必须通过蓝图强化模块消耗技术档案进行操作，无法直接提取。主力舰蓝图的研究子型号可独立服役，但超主力舰蓝图的武器系统改装需在舰船改装界面完成，改装后的配置会即时生效，无需额外提取步骤。
武器、护甲等模块需在舰船改装界面选择目标舰船，通过更换装备功能卸下或安装。拆卸的装备会存入舰队公共仓储空间，可跨舰船调用，但需注意舰船类型与装备适配性。部分高级装备需解锁对应蓝图技术后方可使用，拆卸时可能损耗部分技术值。仓储中的装备可通过废弃功能分解为基础资源，但该操作不可逆，需谨慎选择。
玩家需在基地管理中选择重新定位基地，将主基地迁移至前哨站所在位置，对接的资源带会自动纳入基地仓储系统。采矿平台采集的资源需工程舰往返运输，平台本身仅提供效率加成，实际取用仍需通过基地仓库或运输舰中转。若需快速转移大量资源，建议组建AC721重型运载驱逐舰编队，其18000仓储容量能显著减少运输频次。
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