想要抵达全部海外岛屿，需要分两段解锁对应通行证，依靠枯叶市港口的渡轮就能自由往返前三座岛屿与后四座岛屿，两座特殊限定岛屿则需要专属活动船票才能登岛。
一周目推进到红莲岛道馆，击败馆主拿到第七枚徽章离开道馆后，正辉会主动等候在馆外，对话确认同行就能直接被送往一之岛，同时获得三岛通行证。如果当时拒绝同行，后续前往红莲岛精灵中心就能再次找到正辉触发相同对话领取通行证。持有该道具后前往枯叶市南部码头，和渡轮水手对话，就能自主选择航线前往一、二、三之岛，三座岛屿之间也能在任意岛屿码头换乘船只互相通行。前往二之岛会触发寻找走失孩童的支线任务，抵达三之岛需要清理拦路的暴走族训练家，完成这条连贯支线后三座岛屿的航线会永久解锁，后续随时可以坐船往返，不用重复触发前置剧情。队伍里提前准备掌握碎岩术、冲浪的宝可梦，一之岛灯火山洞穴内部多处岩石障碍需要碎岩术开辟通路，避免中途折返耽误探索节奏。
通关联盟登入名人堂之后，返回真新镇研究所，图鉴收录数量达到60种及以上时，大木博士会将地区图鉴升级为全国图鉴，这是解锁剩余岛屿的硬性前置条件。再次坐船回到一之岛精灵中心，和操作大型通信设备的研究员阿锦对话，接下寻找红宝石的委托，前往灯火山深处火箭队驻守的洞穴，击败看守人员拿到红宝石交还研究员，对方会提出继续寻找蓝宝石的请求，同时把三岛通行证升级为彩虹通行证。新通行证能够解锁四至七之岛全部航线，依旧在枯叶市或者任意已解锁岛屿的码头搭乘渡轮，就能自由切换目的地，四座岛屿内部码头互通，无需每次都折返关都大陆坐船。四之岛存在冰系洞窟，需要冲浪、攀瀑两个秘传技能才能完整探索，五之岛设有火箭队仓库，推进蓝宝石主线时会在此收集关键密码，六之岛的点之穴藏有蓝宝石道具，解开盲文机关就能进入拾取，七之岛遍布未知图腾遗迹，集齐全部图腾也需要多次往返该岛屿。
游戏内还有两座无法依靠常规通行证抵达的隐藏岛屿，分别是肚脐岩与诞生之岛，常规通关流程不会开放对应航线，只能通过官方活动发放的神秘船票、极光船票，携带对应船票前往码头和水手对话，才能单独开启专属航线登岛，这两处岛屿仅用于捕捉专属传说宝可梦，没有连贯主线剧情。所有常规岛屿解锁之后，不用重复完成任何前置任务，随时可以在码头切换航线来回穿梭，探索岛屿时建议分批携带足够伤药、精灵球与逃脱绳，偏远洞穴内部无法随时回城补给，逃脱绳能快速离开复杂洞窟节省赶路时间。
