口袋妖怪各个版本最核心的区别集中在封面一级神兽独占，配套的二级传说宝可梦、游走神兽、剧情解锁神兽也会按版本划分，想要集齐完整神兽图鉴，需要依靠版本互传、二周目任务、联动道具等方式补齐缺失种类，不同版本神兽的抓捕时机、出现地点、战斗机制也存在明显差异，会直接影响通关流程和对战阵容搭配。初代红蓝共用急冻鸟、闪电鸟、火焰鸟与超梦，无封面专属神兽，皮卡丘特供版仅改动剧情流程，神兽种类没有增减；进入城都地区后，金版主线可收服凤王，银版主线获取洛奇亚，另一版的神兽只能等到二周目集齐羽毛道具后才能前往对应地点抓捕，同时雷公、炎帝、水君三只游走神兽，会在通关烧焦塔后在全地图随机刷新，水晶版本可以定点捕捉水君，简化游走蹲守的繁琐玩法。
丰缘地区的版本神兽对立性更强，红宝石主线登场固拉多，主打陆地熔岩相关剧情，蓝宝石主线遇见盖欧卡，围绕海洋暴雨剧情展开，两只神兽会在主线中段强制触发对战，错过首次战斗可在联盟通关后重返地点重新挑战抓捕，绿宝石作为整合版本，两只神兽都能在二周目解锁，还额外开放天空之柱的烈空坐，同时三神柱、拉帝欧斯与拉帝亚斯也分属不同版本，一只固定地图游走，另一只需要联动道具触发，代欧奇希斯更是会随版本变更形态，普通、攻击、防御、速度形态分别对应红蓝宝石、火红、叶绿、绿宝石，跨版本通信才能集齐全部形态。神奥钻石与珍珠，分别绑定掌控时间的帝牙卢卡、掌控空间的帕路奇亚，两只神兽都在天冠山主线决战阶段收服，白金整合版新增反转世界的骑拉帝纳，三圣菇、美梦神、噩梦神、席多蓝恩等二级神兽，部分只在特定版本开放剧情入口，错过击杀神兽的话，多数神兽可以在通关联盟后每日重返地点重试抓捕，不会直接永久消失。
合众黑白版本，白版主线收服莱希拉姆，黑版主线收服捷克罗姆，两只神兽属于通关必经环节，无法跳过，二周目统一解锁酋雷姆，黑白2改版调整神兽点位，三只正义剑士的出现位置发生改动，部分云系游走神兽的刷新区域也做了划分；卡洛斯XY版本，X版拥有生命神兽哲尔尼亚斯，Y版持有毁灭神兽伊裴尔塔尔，二周目均可解锁基格尔德，依靠地图收集细胞碎片完成形态进化。阿罗拉日月，日版为索尔迦雷欧，月版为露奈雅拉，同时岛屿守护神、奈克洛兹玛拆分版本，究极改版开放究极异洞，可重复刷取异兽类神兽，也是少数能正常刷闪光神兽的版本。剑盾双版本，剑版专属苍响，盾版专属藏玛然特，伽勒尔形态三圣鸟、蕾冠王的两种马匹形态互相独占，无极汰那属于两版共有主线神兽，DLC拓展包还追加过往世代神兽，按照版本划分任务奖励池。朱紫当中，朱版封面故勒顿，紫版密勒顿，四灾厄神兽、悖论神兽双向拆分，蓝之圆盘DLC的神兽奖励清单，朱版偏向火系、陆地系旧神兽，紫版偏向水系、飞行系旧神兽，跨版本联机可完成太晶团战，补齐对方独有的传说宝可梦。
除神兽种类区别外，各版本抓捕规则也影响收集效率，早期游走神兽没有固定点位，需要反复切换道路刷新遇敌，后续世代逐步改为定点触发，部分主线神兽存在闪光锁定，无法刷出异色个体，而异洞、团战、扭曲空间内的神兽开放闪光刷新机制。对战层面，版本独占神兽的属性体系不同，固拉多、莱希拉姆偏向物攻阵容，盖欧卡、露奈雅拉偏向特攻体系，收集时要结合对战需求选择初始版本，零散缺失的神兽，可借助宝可梦HOME跨世代传送、玩家联机交换完成图鉴补全，整合类改版一般会收录前两版全部神兽，更适合单人完整收集图鉴，省去联机交换的步骤。熟悉版本神兽的独占规则，既能避免重复游玩相同内容，也能规划好主线抓捕顺序，防止误杀神兽导致图鉴空缺，大幅降低全图鉴收集的时间成本。
