无人机的控制并非单一的遥控指令，而是集成于舰船系统或特定技术蓝图内的一套完整运作机制，其控制方式主要体现在部署、锁定、作战逻辑与协同等多个层面，核心在于玩家通过装配相应模块或使用道具来间接指挥无人机执行预设任务。
最直接的控制方式之一是通过特定的技术蓝图道具对舰队进行临时赋能。特种型控制作业无人机作为一种技术道具，其控制方式表现为玩家可以主动将其派遣并投送至指定舰队中，从而使原本没有控制能力的舰队立即获得临时性的控制作业次数。这种方式并非实时微操每架无人机，而是通过一次性指令赋予舰队执行特定功能（如直接获取建筑控制进度）的权限，解决控制船耗尽后作业停滞的痛点。
另一种核心控制方式依赖于舰船自身的搭载系统。玩家通过为舰船（如刺水母级护卫舰、各类支援舰、航空母舰等）配备或激活对应的无人机模块，来完成对无人机的控制。攻击无人机在发射后遵循预设的独立作战逻辑，无需返回母舰，自动对锁定目标进行攻击，其命中率等作战参数由系统底层算法决定。而维修无人机（常称奶船搭载）则拥有自动的锁定机制，在战斗中会按照一定优先级自动寻找并修复受损的友方舰船。防空无人机和区域防空系统（如光锥级搭载的）也属于此类，它们通常在舰队遭受空中攻击时被动触发或按照设定程序提供区域防空掩护，玩家通过配置舰船阵容和模块来宏观控制这类无人机的作战范围和目标类型。
还存在更专业化的信息支援与控制无人机。游戏中存在信息无人机等类型，它们的主要控制方式是为舰队提供视野、侦察或电子战支援，充当战术信息节点。这类无人机的控制体现在战略层面的部署，而非战斗中的直接交火。无人机的控制也与其制造商的设计理念紧密相关，例如诺玛运输所研发的无人机往往体现出其独特的民转军技术路线与作战风格，这影响了无人机在战场上的行为模式和玩家需要采取的相应搭配策略。
对于大型载机平台如永恒苍穹级无人机航空母舰，其控制方式上升到编队协同的高度。这类航母不仅能搭载多种无人机和护航艇，其核心控制理念在于协同作战。系统控制无人艇与舰载机编队协同攻击相同目标或提供反击防空支援，并通过尖端电子设备为战机编队提供额外的策略强化。这种控制方式更为复杂，是通过航母平台的指挥系统，将不同类型的无人机（攻击、防空、支援）整合成一个有机的整体，实现一加一大于二的战术效果，玩家通过配置机库模块和舰队编成来实现对这种协同控制体系的运用。
