无尽的拉格朗日内无人机整体为AI自动控制，玩家只能通过舰船系统加点、战斗策略、目标优先级设定间接调整，无法在交战阶段直接手动指挥单台无人机移动以及更换目标。
进入对战之后，无人机全程依照内置运行逻辑自主运转，出击、返航休整、再次出击全部由系统自主判定。攻击类无人机会严格遵守舰船预设的目标序列，优先攻击前排舰船，再依次向后排锁定，部分协战型无人机可以绑定己方舰载机，跟随舰载机选择同一个输出对象，暂时放弃自身原本的攻击顺序。防空类型无人机采用反击防空模式，只有敌方舰载机进入母舰的防空范围，才会发起回击，不会主动飞出射程去追击空中单位，同时不会被敌方舰船吸引火力，专精于拦截飞行器目标。支援、维修、增益类无人机同样自动搜寻目标，维修无人机会优先修补受损比例最高的友方舰船，校射无人机随机给周围舰船施加命中增益，全程不需要人为下达即时指令。
战前配装阶段是调控无人机行为最关键的环节，蓝图模块里的技术点能够改变它的运作习惯。缩减锁定时间、减少往返冷却，可以提高无人机出场频率；调整目标选择词条，能让无人机优先攻击残血单位或者高输出舰船。部分舰船自带专属战斗策略，开启对应效果后，可以强制变更无人机逻辑，例如舰船血量下滑时，维修无人机会转为优先修复母舰本体，突击型无人机提高输出并且缩短冷却时长。采矿、干扰这类功能型无人机，需要在计划圈内手动完成投放，投放结束之后，后续作业依旧依靠AI自主执行，中途不能随意修改任务方向。
还有一项核心规则限制着操控方式，无人机依附于母舰存在，没办法脱离舰船单独活动，也无法被敌方火力单独击毁，只要母舰存续，无人机就能够反复往返战场。一旦母舰被击毁，场内所有附属无人机会直接同步损毁。该机制决定玩家不能拆分调动无人机，只能依靠调整整艘舰船的站位，间接改变无人机的有效作战区间，以此适配前排抗伤、后排输出这类主流编队打法。玩家搭配舰队时，需要根据敌方阵容选择对应无人机舰船，对抗舰载机多的队伍就配备防空无人机，拉锯持久战优先带上维修无人机，靠战前布局间接把控无人机的战场走向。
