在疯狂动物园中启动BOSS任务，核心是解锁对应地图、完成指定数量普通任务、满足栖息地等级，再通过界面入口开启挑战。
启动BOSS任务的基础是推进地图解锁与栖息地建设。游戏分稀树草原、丛林、山脉、澳洲、极地、侏罗纪、奥林匹斯山、花园、长城等多个地图，每个地图都有专属BOSS，需先解锁目标地图才能触发对应BOSS任务。同时，多数BOSS有栖息地等级要求，如澳洲野蛮绵羊需绵羊栖息地6级、考拉栖息地2级，山脉双角兽需山羊栖息地3级，提前升级对应栖息地可避免触发后无法挑战。
完成普通任务是触发BOSS任务的关键条件。每完成30+5×已解锁BOSS动物数的普通任务，会随机刷新一次新BOSS任务，前期约30个，后续随解锁数量增加。普通任务包括驯服动物、升级栖息地、跑酷里程、收集金币等，优先做空中动物园任务，积累进度更快，避免只解锁地图不做任务导致无法触发。
触发后可通过固定入口启动挑战。BOSS任务刷新后，主界面右侧偏上会出现骷髅头图标，点击进入BOSS挑战界面。界面显示当前BOSS、剩余挑战次数与刷新时间，初始有3次免费次数，用完可花30徽章兑换1次，每轮刷新最多兑3次。进入任务地图后，场景会按BOSS特性强化难度，驯服耗时更长，需熟练换乘与规避障碍，成功驯服即完成任务，可将BOSS带回空中动物园。
不同地图BOSS触发有细节差异。稀树草原BOSS为鸵鸟老板、外星长颈鹿、骷髅象，分别在草原2、3、5区域；丛林有急速肥猪、火山猩猩、花样虎；山脉有双角兽、终极闪光羊驼、独眼狼。部分隐藏BOSS需特殊条件，如暗黑野牛需骑同一只野牛跑700米，油炸狮需同一只狮子连续吃30个动物，兼顾常规与隐藏可高效集齐BOSS。
